本堂・鐘楼・地蔵堂・南門は北に比叡山延暦寺東塔を、南に景行天皇山邊道上陵(渋谷向山古墳)中心を、西に(神体山)吉備中山頂上、東に(神体山)御蓋山麓(市ノ井恵毘須神社・住吉神社・白乳神社の一帯)を遥拝している。延暦寺東塔と景行天皇陵を結ぶ神の通り道は(醍醐山頂上付近)醍醐寺開山堂-春日大社車舎のすぐ西-(新薬師寺)本堂・南門-岩屋大塚古墳-石上大塚古墳-天理教教会(別席場の南北に細長い建屋はこの線に沿って建てられている)-東天井山古墳-西山塚古墳-中山大塚古墳-崇神天皇山邊道勾岡上陵(行燈山古墳)を通過する。吉備中山と御蓋山を結ぶ神の通り道は(神撫山と呼ばれていた)高取山-唐招提寺を通過する。これら聖地を遥拝する本堂は奈良時代の建築物なので、延暦寺東塔付近、醍醐山頂上付近は古来より信仰地だったこと、奈良時代の建屋は主に神体山と古墳を拝んでいたことが読めた。香薬師堂は北に(比叡山東麓)日吉大社東本宮・東本宮境内の摂社を、南に箸墓古墳(大市墓)拝所を遥拝している。両聖地を結ぶ神の通り道は(日吉大社摂社)早尾神社-日吉東照宮-比叡大聖天最乗院-(新薬師寺)香薬師堂-西山古墳-大和神社境内を通過する。新薬師寺が神々しいのは神の通り道が交差する聖地にあり、建屋を聖地遥拝方向に建てている要因以外に、春日山原始林に隣接しているので空気が清々しく、神体山である春日奥山(花山)と春日前山(御蓋山みかさやま)を身近に感じることができことにある。御蓋山・花山・本堂・高円山を借景とする香薬師堂前庭に深く掘り込んだ池がある。護岸石組が洗練されていること、池をまたぐ参道と橋が(第一司令官、小西行長の居城だった釜山倭城)東莱城と(神島)八代神社を結ぶ線に沿っていること、門から庭に入った所の比較的大きな石が庭や香薬師堂・庫裏を大きく見せていること、石灯籠がセンス良く置いてあること、植栽樹木が洗練されていることから江戸時代作の庭だと読んだ。溜まり水の池に空や地肌の築地塀が映っている。護岸石の中には力強く突出した石があるが全体的にはひなびた自然風の池。庭のあちこちに忘れられたような五輪塔が置かれ、佛石があり庭が山野辺の道に隣接していることを感じさせ、奈良の雰囲気を出している。池に龍が潜んでいるように見せているが、その龍は水中で熟睡しているようにも見せている。そのように見せることで、奈良が天皇を中心とした現体制を創設した地であるも、その栄光ある歴史に蓋をし、穏やかな日々を人々が過ごしていると感じさせている。池の北側には亀島があり、亀が春日大社の方向に向かい歩いているように見せている。一見ひなびたように見せる、すさまじいエネルギーを眠らせた庭だ。