方丈・庫裏・霊光殿は概ね南の熊野本宮大社と(奈良)大塚山古墳を遥拝している。清漣亭は(玉置山)玉石社・安寧天皇畝傍山西南御陰井上陵を遥拝している。建屋の遥拝先が少なく、遥拝にて積極的に聖地の気を取り込むことを行わない足利氏の菩提寺だ。北野天満宮は神宮全体でブッダガヤの大菩薩寺を遥拝しているが、北野天満宮とブッダガヤの大菩薩寺を結ぶ神佛の通り道は(天龍寺派)等持院方丈-(天龍寺派)功運院方丈-(妙心寺派)多福院を通過する。等持院東南隣の真如寺もブッダガヤの大菩薩寺を遥拝しているが、真如寺法堂とブッダガヤの大菩薩寺を結ぶ佛の通り道は等持院境内で鐘楼のすぐ南-仁和寺経蔵・金堂を通過する。大菩薩寺への遥拝線が二つ通り、人々の思いが通過している。西庭と東庭の境に足利尊氏の墓所(宝篋印塔)が、霊光殿には足利尊氏が日頃信仰した地蔵菩薩像が祀られ、足利歴代の将軍、徳川家康の木像が並べられ重い雰囲気が庭に漂っている。方丈の大庭は法堂を借景とした天龍寺の方丈南庭と似た構成で、黄色の築地塀の横5本線、白砂の流れるような横線模様、マツを略垂直に育て直線を強調しつつ、苔面の島の曲線を柔らかく見せている。庭外側は樹木が囲い、広い空のみを借景としているが、周囲に建屋が建つまでは京都市内を借景とした雄大な庭だったはずだ。方丈の標高は71m、南西約1㎞の妙心寺大方丈の標高は54m、東南約6㎞の東寺講堂の高度は約23mなので妙心寺大方丈、東寺五重塔、石清水八幡宮、遠くの大峰山脈の峰々を借景としていたことが想像できる。芙蓉池(西庭)は池周囲に太陽光を反射させる多くの石を配した男性的な庭だ。芙蓉池の中央に大きな亀島があり、亀島に立つ島の中心石がブッダガヤの大菩薩寺へ向かって泳ぐ亀と見せている。方丈裏の西側から見て(東北)金閣寺の方角にあたる築山上に三尊石があり、そこから枯山水の枯水が湧き出し芙蓉池に注がれるように見せている。芙蓉池の西北には本物の水を注ぐ瀧があり、樹木、方丈、庫裏で囲まれた西庭に瀧音を籠らせている。春から夏はアセビ、ヒサカキ、ツツジ、サツキ、カナメモチ、クチナシ、サルスベリなど花が絶えないようになっている。カエデが多いので紅葉の庭も良い。ツバキの冬は庭石が美しい。大きく曲げて育てたアカマツの大木が武家の庭らしい豪快さを見せている。男性的な庭ではあるが、豪放な中に自制心を強く求めている。易経「10天澤履(てんたくり)虎の尾を履む危なさ」礼儀正しくすることで危険を乗り越えることができる。「22山火賁(さんかひ)文飾・美を競う」美はものごとの本質を掴み、それぞれを組み合わせて作るべきもので、行き過ぎ、虚飾とならないよう自制すべきことを表現している。武士の心構えを見せている。心字池(東庭)は庭石が少なく穏やかで、四つの平らな島からなる女性的な庭だ。一番大きな島は他の島より背が高く、頭を尖らせた烏帽子を被る人物のような庭中心石がある。他の石々は頭が丸く、或いは頭が平たい神の着座石(座禅石)なので、中心石が庭の中のすべての石を統率し支配している。庭中心石は将軍で、四つの島に正室・側室を模した石を配し将軍家の家を表現したのかも知れない。池に頭を出す尊く美しい石もある。神の権現石も見られるので神佛を強く意識している。池の水深は浅く、四つの島にて風を遮り水面は穏やかだ。西庭と同様に江戸庭園樹木で構成され落ち着く。庭に宿る神、佛、霊が安らぐようになっている。地と沢を面と向かいあわせることで「19地澤臨(ちたくりん)春たけなわ」持ちつ持たれつ愛を育てる女性らしさを表現し、武士の妻(正室・側室)の心構えを見せている。